यूएससीआईआरएफ ने आरोप लगाया है कि केंद्रीय सरकार ने भी आलोचनात्मक आवाजों को दबाना जारी रखा। विशेष रूप से धार्मिक अल्पसंख्यकों और उनकी ओर से वकालत करने वालों को। इनमें निगरानी, उत्पीड़न, संपत्ति के विध्वंस और गैर-कानूनी गतिविधि रोकथाम अधिनियम (यूएपीए) के तहत हिरासत के माध्यम से और विदेशी योगदान विनियमन अधिनियम (एफसीआरए) के तहत गैर-सरकारी संगठनों (एनजीओ) को लक्षित करना शामिल है।

रिपोर्ट पूरी तरह से निर्णायक नहीं: वेदांत पटेल

इन सवालों के जवाब में अमेरिकी विदेश विभाग के उप प्रवक्ता वेदांत पटेल ने संवाददाताओं से कहा कि यूएससीआईआरएफ विदेश विभाग या कार्यकारी शाखा की शाखा नहीं है, लेकिन इसकी रिपोर्ट अमेरिकी लोगों के लिए धार्मिक स्वतंत्रता के महत्व को दर्शाती है। पटेल ने कहा, हिदायत देने के लिहाज से रिपोर्ट की सिफारिशें कुछ हद तक विदेश विभाग की विशेष चिंता वाले देशों की सूची के साथ परस्पर-मेल खाती हैं, लेकिन यह पूरी तरह से निर्णायक नहीं है। इस रिपोर्ट के बारे में प्रश्न या टिप्पणी करने वाली सरकारों या अन्य संस्थाओं को सीधे आयोग से संपर्क करना चाहिए।

एफआईआईडीएस ने रिपोर्ट की आलोचना की

अमेरिका स्थित गैर-लाभकारी संगठन, फाउंडेशन ऑफ इंडियन एंड इंडियन डायस्पोरा स्टडीज (एफआईआईडीएस) ने यूएससीआईआरएफ की “पक्षपातपूर्ण” रिपोर्ट के लिए आलोचना की। एफआईआईडीएस (FIIDS) के खांडेराव कांड ने एक बयान में कहा कि यूएससीआईआरएफ अनुमानित रूप से सीपीसी में शामिल करने के लिए भारत के खिलाफ अपने वार्षिक मामले को पुनर्जीवित करने का प्रयास कर रहा है, इसके आंकड़ों में गलत जानकारी दी गई है जो अनुमानित रूप से चूक और विशेष अभियान को दर्शाता है। 

कांड ने कहा, यूएससीआईआरएफ ने अपनी रिपोर्ट में अदालती मामलों में देरी को सूचीबद्ध किया है लेकिन इस तथ्य को छोड़ दिया है कि वास्तव में एनआरसी के कार्यान्वयन का आदेश असम हाईकोर्ट ने दिया था, न की सरकार ने। इसके अलावा, रिपोर्ट भारतीय ग्रामीणों के लिए गायों के सांस्कृतिक और आर्थिक महत्व को स्वीकार करने में विफल रही है, गौ हत्या पर संवैधानिक प्रतिबंध का उल्लेख नहीं किया गया है।

उन्होंने कहा कि रिपोर्ट इस तथ्य की उपेक्षा करता है कि बुलडोजर से गिराए गए घर अवैध और अधिसूचित थे और इसके साथ चूक की सूची आगे बढ़ती है।यूएससीआईआरएफ आश्चर्यजनक रूप से कश्मीर में जिहादी मुसलमानों द्वारा हिंदुओं के सिर कलम करने और उनकी लक्षित हत्याओं का उल्लेख करने में विफल रहा है।

आईएएमसी ने रिपोर्ट का समर्थन किया

वहीं, भारतीय अमेरिकी मुस्लिम परिषद (आईएएमसी) ने यूएससीआईआरएफ के निर्णय का समर्थन करते हुए कहा कि भारत को लगातार चौथे वर्ष विशेष चिंता वाले देश के रूप में नामित किया जाए। आईएएमसी के कार्यकारी निदेशक रशीद अहमद ने कहा, यह निर्णय इस बात की पुष्टि करता है, जो आईएमएसी वर्षों से कहता आ रहा है कि प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी के नेतृत्व में भारत की सरकार ने अल्पसंख्यक समुदायों, विशेष रूप से मुसलमानों और ईसाइयों की धार्मिक स्वतंत्रता का व्यवस्थित रूप से उल्लंघन करना जारी रखा है।